又拖了一個月左右，直到1607年（慶長十一年）2月初，軍中真的開始出現熱病和傳染病來，孟昭德才傳令海軍淺井井賴聯絡九州漁民，布置橫渡海峽，將部隊分批轉往四國，從淡路班師，至于這一個月間，孟昭德除了著手拆散各地較大勢力的豪族外，也沒忘撒出忍者去尋找宇久純定和他的海賊眾之下落，可惜一無所獲，這樣疾病初現，軍糧告罄，實在不能坐以待斃，孟昭德才硬著頭皮班師，并且傳令真田昌幸，藤堂高虎，上杉景勝，阿倍秀明，安東隆盛分頭負責組建九州軍隊，加快速度，給他們優(yōu)厚的薪俸，盡一切可能斷絕潛在的叛軍之兵源。