按照當初一點點蠶食本愿寺的計劃，信長現(xiàn)在終于等到了對本愿寺顯如最后清算的機會，發(fā)起了京都本愿寺合戰(zhàn)。9月5日，織田大軍荒木村重，明智光秀，細川藤孝，？直政（原田直政）所部三面包圍了石山本愿寺城。9月13日，？直政率部將三好康長等開始攻打石山城附近的支城三津寺，意欲奪取這里的本愿寺火槍營。不料遭到本愿寺顯如以優(yōu)勢兵力伏擊，織田軍大敗，？直政也死于亂軍之中。織田四隊本來呈四個角壓住石山城和其支城，現(xiàn)在竟然被打掉了一角，防務立刻出現(xiàn)漏洞，本愿寺顯如派遣大軍趁勝突圍，以優(yōu)勢兵力對織田軍形成了反包圍，不幸中招的正是京奉行，阪本城主明智光秀駐守的天王寺。