四月二日，明軍卸下隨船運來的攻城火炮，對和歌山城進行了猛烈轟擊，只有從被明軍水師摧毀的沿海炮臺中搬來少少幾門完好火炮的紀州藩軍根本無力壓制重型攻城炮對和歌山城的轟擊，最終不得不倉皇放棄和歌山城，奉著紀州藩藩主德川賴宣沖出了明軍尚未完成的包圍圈，向大和方向逃去。

明軍并未追擊德川賴宣，而是夷平了和歌山城，并在和歌山港區(qū)附近用和歌山城的建材、周邊山林中砍伐的竹木及隨船攜帶的水泥，開始修建防御陣地，以為接下來大規(guī)模進攻日本內地的后方兵站及前進基地。