王燦成之所以反對六科改制，主要是基于朱由崧對六科的定義，即六科應該是唐代門下省的再現(xiàn)，可問題是，唐代門下省是擁有拾遺補闕和諫議職責的，所以王燦成和吏科上下才明確反對六科被閹割了諫議權(quán)的改制。

但王燦成和吏科的反對無效，朱由崧堅持認為在唐代臺諫系統(tǒng)是門下省的一部分，如今既然門下省整體不存在了，那么六科和都察院的職責就應該有分野，具體來說，也就是誰的事誰干，不能一個部門鼻子眉毛一把抓，當然也不能一件事幾個部門來抓，結(jié)果政出多門。