崇禎元年七月二十五日，遼鎮(zhèn)爆發(fā)以欠餉名義的兵亂，亂兵“露刄排幕府縛自肅及總兵官朱梅、推官蘇涵淳、州同知張世榮，置譙樓上捶擊交下”，時任遼東巡撫的畢自肅不堪受辱，遂于當年八月“丙申自經(jīng)死”。

對此，畢自肅的哥哥，時任戶部尚書畢自嚴向崇禎帝哭訴道：“叩閽請餉之疏自五月來，不啻舌敝唇焦淚盡成血，雖屢廑明旨催發(fā)，而他人視之蔑如也，當六月間外解不繼，固難投醪而挾纊。逮七月初，外解漸充，又將那東以補西，豈非臣弟之厄數(shù)當畢，命于此日乎？各邊舊餉亦有遲至十余月者，然其兵則土著也，其所靠不專在戶部，年例仍有民糧屯糧在也，即所欠亦系歷年壓支相延日久，非真數(shù)月無餉也······說者曰：借口索餉，或有別情······”