機構變革之初，朝廷上下出現(xiàn)了不小的混亂。職權不明，對機構變動的抵觸情緒也不小，在最初的三個月里，朝廷上下頗有些怨言，也出現(xiàn)了不小的抱怨和冷嘲熱諷得聲音。

但張延齡和王守仁等人都是干實事的人，大都督府和丞相府的聯(lián)席會議幾乎每天都召開。各衙門官員輪流坐堂，解決各種出現(xiàn)的問題，疏通各種不通之處，明晰權限，制定流程。